En la antigüedad, la meseta del Collao estuvo poblada originariamente por grupos Aymaras (Collaos, Zapanas, Kallahuayos y Lupacas) y posteriormente por Quechuas. Según el cronista Inca Garcilaso de la Vega, la aparicián de los Quechuas coincide con la leyenda de Manco Cápac y Mama Ocllo, quienes surgieron de las aguas del lago Titicaca para fundar el Imperio de los Incas. La cultura prehispánica más importante y de mayor influencia en la zona fue la Aymara, conocida también como Putina. Enla época del Virreinato, Puno fue el paso obligado de los viajeros que se dirigían a Potosí. Fue el virrey Conde de Lemos quien en 1668 instituyó a San Juan Bautista de Puno como capital de la provincia de Paucarcolla. Posteriormente se la rebautizó como San Carlos de Puno en homenaje al entonces reinante Carlos II de España. En 1870 se instaló la línea férrea Arequipa-Puno y se inició la navegación lacustre.
